La Franche-Comté compte 335 exploitations biologiques sur 25 283 ha ce qui représentent 3,8% de la surface agricole totale franc-comtoise.
La Franche-Comté est la troisième région française avec 3,8% de la surface agricole consacrée à la culture biologique, derrière la région Provence Alpes Cote d’Azur (5,5%) et Languedoc Roussillon (4,8%).